一、工厂企业的征收补偿可以依据《国有土地上的房屋征收与补偿条例》（以下简称'《征收与补偿条例》）第十七条的规定：“作出房屋征收决定的市、县级人民政府对补征收人给予的补偿包括：（一）被征收房屋价值的补偿；（二）因征收房屋造成的搬迁、临时安置的补偿；（三）因征收房屋造成的停产停业损失的补偿。市县级人民政府应当制定补助和奖励办法，对被征收人给予补助和奖励。”

　　二、您想知道土地和地上建筑物分别应该怎么进行补偿。一般各地方在征收中通常将对土地的补偿与房屋、建筑物补偿计算在一起，统一计算到对房屋价值的补偿中。但在实际征收中，企业除去房屋所占土地外，仍存在大面积的土地的，对此应参照土地的价值进行补偿；如果该宗土地是企业租赁的，征收部门至少应补偿其租赁费用；如果企业上的土地租赁期限剩余较长，企业重新租赁类似土地费用上涨的，征收部门应额外补偿其差价。

　　三、条例中（二）规定是搬迁和安置费用的补偿，对于企业内的设备搬迁安装费用应当按国家和当地规定的货物运输价格、设备安装价格计算。可搬迁设备的损失费可分为实物损失费和功能损失费。实物损失费包括拆卸费用、运输费用、安装费用、调试费用等；功能损失费用包括搬迁引起的机器精度下降、不合格产品的增多。对于不可搬迁的设备，拆迁会导致该设备的废弃，应结合其成新和重置价，计算设备重置成新价，对所有人进行补偿。

　　四、条例中（三）停产停业损失，《征收与补偿条例》第二十三条：“对因征收房屋造成停产停业损失的补偿，根据房屋补征收前的效益、停产停业期限等因素确定。”所以这类补偿不仅包括对企业原料和半成品等所致造成的损失，还包括企业的预期利益。对预期利益的计算，根据企业之前的收益情况和停产停业时间综合计算。

　　五、关于空地上的苗圃的补偿，林木、果树等地上物需要根据树龄、是否在盛果期等因素来估算。菜地、大棚要看年产值，大棚还要补偿地上物的建筑重置成本。当然，律师只能提供标准，没有办法给您确定具体的数额，具体多少钱一平米，需要根据当地的物价、地价来评估和计算。

　　最后，关于您厂房拆迁，可以参考上述的补偿类别，当然具体要看当地的征收拆迁公告的规定。